연세대학교는 개교 직후부터 기독교 개론을 가르치고
기독교 정신을 구현하고자 노력해왔습니다.
1885년 4월 10일 한국 최초의 근대식 병원이었던 광혜원(제중원)의 개원으로 연세대학교의 역사가 시작되었다. 개교 직후부터 연세대학교는 기독교 과목을 가르치고 채플을 드림으로써 기독교 정신을 구현하고자 노력해왔다. 개교 초기에는 종교부를 중심으로 일반교수들이 종교활동을 주도해왔으나, 1933년 5월 장석영 목사가 첫 전임교목으로 부임하며 기독교 과목을 강의하고 학생을 상담하는 역할을 수행했다. 당시 채플은 본관 강당에서 전교생과 교직원이 함께 모여 드렸다.
1950년대에 교목제도가 정식으로 도입되었다. 1954년 백리언 교목이 부임하였다. 채플은 노천극장에서 드려졌으나, 1958년 대강당 완공 이후 예배 장소가 변경되었다. 대강당에서는 전교생이 주1회 참석하는 채플이 실시되었다. 1962년 3월 24일, 이사회 결정을 통해 교목실이 설치되었다. 초대 교목실장에 백리언 교목이 임명되었다. 같은 해 7월 한영선 교목실장부터 교목실장이 교무위원이 되어 거교적인 선교활동을 담당하기 시작하였다. 1974년 9월에는 루스채플이 봉헌되어 교목실 활동의 새로운 중심이 되었다.
1986년 1학기부로 채플이 교양필수과목으로 지정되었다. 등록학기 8학기 중 4학기 이상 채플을 수강(P학점)하도록 요구하면서 학부생 1학년과 2학년이 주로 참석하는 오늘날 채플의 면모가 완성되었다. 2012년 1학기부터는 인천광역시 연수구 송도동에 건립된 국제캠퍼스에서 1학년을 대상으로 한 채플을 진행하고 있다. 또한 2015년부로 채플 수강 시 0.5학점을 부여하기 시작했다. 연세대학교 교목실은 종교위원들의 자문을 받아 각종 선교 정책을 세우고 이를 실천하고 있다. 나아가 연세대학교 건학 이념인 진리와 자유의 기독교 정신을 구현하기 위해 채플, 강의, 예배, 선교, 대학교회, 삼애교회 등을 운영하고 있다.