채플은 기독교 대학의 중심 기능으로서 진리와 자유의 기독교적 정신과 삶을 가르친다. 정신적 도장으로서 채플은 모든 연세인들, 즉 학부생과 대학원생, 교직원을 하나의 공동체로 묶는다. 채플은 기독교 성직자뿐만 아니라 건학이념의 배경이 되는 성서와 기독교 분야 전문가와 사회 각 영역에서 이를 모범적으로 구현하는 삶을 산 교내외 강사들을 초빙하며, 이들의 말씀과 증언을 통해 신앙적으로 무장되고 인격적으로 성숙한 연세인을 양성한다.
현재 교목실이 운영하고 있는 채플의 종류로는 일반채플과 예배채플이 있다. 일반채플은 초빙 강연자가 특정한 주제에 대해 말씀을 전하는 방식으로 진행한다. 이곳에서 강연자는 기독교적 가치관과 세계관 아래 살아온 삶의 여정을 일 또는 학문 세계와 연계하여 학생들에게 증언한다. 더 나아가 일반채플에서는 다양한 예술 형태를 기독교와 접목한 공연채플과 특별한 연세동문을 초청하여 함께 대화를 나누고 조언을 얻는 대화채플도 주기적으로 구성하여 실시한다. 예배채플은 특별히 교회 예배 분위기에 익숙한 기독교인들을 위한 분반으로, 전형적인 개신교 예배의 형식을 차용하여 운영한다.
모든 학부생은 졸업하기 전 4개 학기 이상 채플에 의무적으로 참여해야 한다. 신촌캠퍼스는 화요일과 수요일 2, 3교시에 모든 학과 학생들을 대상으로 한 일반채플을, 수요일 5교시는 UIC 학생들을 주 대상으로 한 영어채플을 진행한다. 국제캠퍼스에서는 2014년도 2학기부터 화요일 2, 3교시는 영어채플로, 수요일 2, 3교시는 찬양채플로, 목요일 2, 3교시는 일반채플로 구분해서 진행한다.
Chapel helps maintain Yonsei's identity as a Christian university and shares teachings about the Christian virtues of truth and freedom and how to lead a Christian life. As a platform for spiritual learning, Chapel unites all members of the Yonsei community, including undergraduate and graduate students and the faculty. In order to foster a sense of community at Yonsei, Chapel invites not only Christian ministers but also experts in the Bible and Christianity on which Yonsei's ideology was founded, as well as those from inside and outside the school who have lived exemplary lives to come and speak.
Currently, the Chaplain's Office holds regular General Chapels and Worship Chapels. During General Chapel, guest lectures deliver talks on specific topics, also often discussing their journey of living out Christian values and worldviews and connecting them to areas of work or academics. As part of General Chapels, Performance Chapels, during which Yonsei alumni are invited to share their stories and advice, are regularly held. Worship Chapels are typical Protestant worship services designed specifically for Christians who are familiar with church worship services.
All undergraduate students are required to attend Chapel for at least four semesters before they graduate. At th Sinchon Campus, General Chapels for studens from all departments are held on Tuesdays and Wednesdays during 2nd and 3rd periods and English Chapels for UIC students are held on Wednesdays during 5th period. At the International Campus, beginning in the Fall Semester 2014, English Chapels are held during 2nd and 3rd periods on Tuesdays, Worship Chapels are held during 2nd and 3rd periods on Wednesdays, and General Chapels are held during 2nd and 3rd periods on Thursdays.